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发酵的目的是为了将麦芽汁中的糖份转化成酒精，发酵是形成酒厂风格最重要的环节。酒厂的产制流程中，发酵是最花时间的一项，为了能快速并有效率的进行发酵，所有的蒸馏厂都希望使用的酵母尽可能的纯净而不掺杂菌，也因此少有蒸馏厂自行培养酵母，绝大多数都是由专业酵母厂购买商业酵母。这些酵母厂拥有多种酵母菌株，每一种菌株都保持在无污染的状态以维持活性和繁殖能力，并依据客户需求调配菌株，因此所谓的商业酵母并非单一菌株，而是数种酵母菌的组合。

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发酵的速度和温度会对酵母生成的香味造成一定的影响。发酵本身是一个生热(放热）的化学反应，于是麦芽汁在发酵过程中会变得越来越热(除非蒸馏室做冷却处理）。热量会加速化学反应，并生成更多的芳香族化合物。适量的芳香族化合物能增添风味，但一旦过量就不讨人喜欢了。蒸馏师会始终注意保持其酵母的洁净和健康。他们还会选取一部分样本进行显微镜分析，以此确保菌株未发生任何突变。

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酵母到底是什么？就是指能发酵糖类的各种单细胞真菌。所以：酵母是一种生物体是活的。只要是活的生物，就有其多样性与复杂性。酵母菌在酿酒过程中的最主要的职责，就是将糖类转化成酒精。酵母在酿酒过程中所扮演的角色，就是吃掉体系中的糖，然后代谢出酒精，二氧化碳以及热量。这个过程中还会有些副产物，也就是所谓的风味物质

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发酵又分为长短发酵，糖化液温度在20度后转移到发酵罐，因为酵母在高于20度的环境中无法存活。一般每1.5万升的糖化液加入50KG酵母。

·短发酵：48小时以内，由酵母完成发酵，麦芽类香气突出。

·长发酵：55小时及以上，前48小时主要是酵母发挥发酵作用（因为死了)，后面时间由麦芽汁中的野生酵母和乳酸菌进行发酵，更多的水果花香类香气，更加多样性的风味。

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经过前面适应，接下来进入到繁殖期，活性酵母总数开始疯狂繁殖，这个过程会持续18～24小时，吃糖生出酒精，温度升高，生产大量的泡沫，类似于沸腾状，（发酵罐上有类似于刀片装置，去除泡沫）酸性风味增加，各种代谢物产生各种刺鼻感，PH值在4左右

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疯狂期过后其发酵液温度升到33-34度的顶点后2-4小时活性酵母停止增加（被高温和酒精干掉了大部分），进入静止期（其中野生酵母和乳酸菌继续）

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静止期与衰减期的分界相当模糊，整个12-24小时的阶段，发酵缸看起来慢慢地冒着泡，一直到最后完全静止。从投入酵母菌至停止发酵，全过程大概40-48个小时，得出的原酒，酒精度大概是7-9%。转入蒸馏器中。长发酵的48小时及以后就是发酵液中的原生（野生）酵母和乳酸菌继续进行慢发酵，得到更多的风味特征

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